O Santuário Theotokos – Mãe de Deus foi projetado pelo arquiteto Ruy Ohtake, e realizado num terreno de 30 mil metros quadrados, com capacidade para 100 mil fiéis, sendo 25 mil na área interna e 75 mil na área externa.

O Santuário terá uma cruz de 42 metros de altura, que poderá ser vista de diversos pontos da cidade, simbolizando uma das marcas turísticas da capital paulista. Serão construídos 500 banheiros e, também haverá um estacionamento que irá comportar 2 mil veículos.

O altar terá cerca de cinco metros de altura e vinte metros de extensão. Serão colocados telões (assim como portas removíveis) na parte externa para que as pessoas que estão mais distantes do altar possam acompanhar as celebrações.

A novidade é a construção de uma cripta sob o altar.